Fabuła rozgrywa się w nieznanym, wymiarowym świecie, w którym Mindy jest uwięziona w budynku.
. W tej erze Sakura (aka Wiśnia) znane są jako magiczne kwiaty, które dają ludz. Budynek zawiera platformę Sakura, która pozwala jej teleportować się do różnych miejsc w świecie wymiarowym, zwanych wejściami.Winged Sakura: Mindy's Arc to dynamiczna gra strategiczna, utrzymana w klimacie anime, z mechaniką RPG, która opowiada historię o Mindy Akumori, słabej dziewczynie, która obecnie cierpi na amnezję.